Η ίδρυση της Ελληνικής Εταιρείας Ποινικού Δικαίου κατά το έτος 1949 είναι στενά συνυφασμένη με την επεξεργασία, την ψήφιση και θέση σε εφαρμογή των σχεδίων Ποινικού Κώδικα και Κώδικα Ποινικής Δικονομίας. Ιδρυτικά της μέλη υπήρξαν οι σπουδαιότεροι θεωρητικοί του ποινικού δικαίου, δικαστές και ποινικολόγοι της εποχής, προεξέχοντος του τότε Εισαγγελέα του Αρείου Πάγου και προέδρου των επιτροπών σύνταξης των Κωδίκων, Άγγελου Μπουρόπουλου, ο οποίος και διετέλεσε πρώτος εκλεγείς Πρόεδρος επί δεκαπενταετία.

Εξ αρχής η Εταιρεία παρέμεινε και παραμένει προσηλωμένη στον καταστατικό της σκοπό, την «στενωτέρα συνεργασία μεταξύ των εν Ελλάδι ασχολουμένων με την θεωρητικήν σπουδή του ποινικού δικαίου, εσωτερικού τε και διεθνούς, ή μετεχόντων εις την εφαρμογήν αυτού προς ανάπτυξιν προσπαθειών και παρακολούθησιν πάσης επιστημονικής προόδου, αποβλεπούσης εις εντελεστέραν απονομήν της Ποινικής Δικαιοσύνης».

Προς τούτο η Εταιρεία έχει ήδη διοργανώσει δώδεκα (12) Πανελλήνια Επιστημονικά Συνέδρια, ενώ έχει συνδιοργανώσει πολλές επιστημονικές ημερίδες με την Ένωση Δικαστών και Εισαγγελέων και την Ένωση Εισαγγελέων Ελλάδος καθώς και με την Ένωση Ελλήνων Ποινικολόγων και με πολλούς Δικηγορικούς Συλλόγους.
Η Εταιρεία απετέλεσε τον πρώτο σημαντικό επιστημονικό δίαυλο επικοινωνίας με το ποινικό δόγμα του εξωτερικού μέσω της ενεργού συμμετοχής της στην Διεθνή Εταιρεία Ποινικού Δικαίου, της οποίας είναι μέλος από το έτος 1953, μια παράδοση την οποία συνεχίζει έως σήμερα. Αξιόλογο φωτογραφικό υλικό από το αρχείο της Εταιρείας έχει ψηφιοποιηθεί με επιμέλεια του επί σειρά ετών διατελέσαντος γενικού γραμματέα της Εταιρείας κ. Ιωάννη Παπαδογιαννάκη και είναι διαθέσιμο εδώ.

Ο σημερινός πρόεδρος Ιωάννης Γιαννίδης διαδέχτηκε το έτος 2015 στην θέση αυτή τον καθηγητή Νικόλαο Ανδρουλάκη, του οποίου η προεδρία υπήρξε μακρόχρονη και ιδιαίτερα επιτυχημένη.